2005年的吞吐量为908,000TEU,比上年下跌0.9%,世界排名第八十五位。 因劳资纠纷和反对港口私有化,引发了马赛港在2005年内持续两周的码头工人大罢工,致使该港2005年的吞吐量下滑。 2005年10月,法国政府委派协调力强的盖·贾宁接替埃里克·布雷桑特为马赛港务集团局长。在新局长的调解下,马赛港效仿勒.哈佛尔港的做法,工会和港口局双方作出让步,并签订了一份合约,有利该港的长远发展。 2005年,马赛港虽然因受罢工影响而减少了吞吐量,但是,该港的扩建工程进度并未放缓。该港2005年投资了7240万欧元(约合9100万美元),用于新建两个集装箱码头。2006年,该港又投资了9000万欧元以完善基础设施建设。 新建的FosZXL是马赛港主要的集装箱码头,由Synergie码头集团负责运营,该集团由CMA、CGM和迪拜环球港口集团合资组建。