立陶宛的主要港口克莱佩达 (Klaipeda) ，是波罗的海地区东西向交通运输动脉上的重要港口。其港口泊位水深 14.5 米，在近 2 年内将疏浚加深到 17 米，世界上大的集装箱船可以直接挂靠。港口与通往欧洲内陆的公路和铁路交通运输网络相连接。由于克莱佩达港与西欧地区、尤其是俄罗斯西部工业区的距离较近，因此是通往欧洲内陆比较理想的快速通道之一。该港 2006 年的集装箱吞吐量是 20 万标准箱，居波海三国港口首位。克莱佩达港务当局已投资了 3,760 万欧元，用于发展港口的基础设施。